Lors d'une fouille archéologique dans des ruines, un chercheur Pokémon disparaît mystérieusement. Sa fille, Molly, est très affectée par cette nouvelle, elle n'a que 7 ans et vient de perdre son dernier parent. Elle trouve des espèces de cubes où se trouvent gravés les 26 formes de Zarbi existant à l'époque et qui représente chacune une lettre de l'alphabet. Elle remarque que ces formes ressemblent aux lettres et commencent à écrire des mots avec comme papa. Les Zarbi investissent les lieux et se servent des rêves de Molly pour gagner en puissance en les matérialisant. La demeure du professeur Hale devient un château cristallisé. Personne ou presque ne peut y pénétrer.

Molly veut revoir son père alors les Zarbi créée un Entei et celui-ci se fait passer pour son père. Tout ce qu'elle désire, il s'arrange pour qu'elle l'obtienne. Elle veut avoir une mère pour former une famille unie, Entei s'en va l'enlever la mère de Sacha qui est venue à Greenville pour prendre des nouvelles de la fille du Professeur Hale qui est un vieil ami. Il l'hypnotise pour qu'elle joue le rôle de la mère à Molly. Sacha poursuit Entei et parvient à entrer dans la demeure de cristal en passant par une sortie d'eau et avec l'aide de ses Pokémon, il créé une brèche assez grande et assez longtemps pour pénétrer dans la demeure même.
Molly les laisse entrer et décide de les défier avec des Pokémon créés par son imagination et dans des Pokéball de cristal. Elle affronte Pierre avec Teddiursa, Lainergie et Phanpy qui battent à plate coutume Goupix, Nosferapti et Onix. Ensuite, c'est au tour d'Ondine de l'affronter. C'est un match entre Pokémon eaux et Molly parvient à créer une mer dans toute la pièce, mais les humains sont capables de respirer. Molly bat largement Ondine avec Dementa et Hyporoi contre Stari et Poissirène. Entre-temps, la mère de Sacha est sortie de son hypnose et commence à comprendre le malaise que ressent Molly, elle essaie donc de jouer le jeu de la fillette. Dès que Sacha retrouve sa mère et veut la faire sortir de cette maison, Entei apparaît aux côtés de Molly et s'en prend à Sacha. Les Zarbi s'agitent face à cette menace que représente Sacha et la demeure commence à être remplie de cristaux qui sortent du sol pour piéger Sacha et ses amis. Lors du combat contre Entei, Sacha tombe dans le vide, mais Dracaufeu qui dans sa vallée dracorifique a vu ce qu'il se passait là-bas avec Sacha qui était entré, le rattrapa au vol et le ramena vers Entei. S'ensuit alors un combat entre Entei et Dracaufeu où bien sûr, Entei a le dessus. Mais Sacha supplie Molly d'ordonner à Entei d'épargner Dracaufeu et tente de lui faire comprendre qu'elle vit dans un monde imaginaire, rien de ce qu'elle possède dans cette maison cristallisée n'est réel. Elle le réalise et demande à Entei de tout arrêter, mais cela ne dépend plus de sa volonté. Les Zarbi sont devenus hystériques suite à l'affrontement avec Sacha et ne veulent plus laisser personne sortir. Entei les affronte pour libérer Molly et ses amis, avec l'aide de Dracaufeu et Pikachu. Il parvient à vaincre les Zarbi et Molly doit renoncer à Entei qui disparaît avec eux. Tout ce que les Zarbi avaient fait, comme la cristallisation de la maison, l'enlèvement du professeur Hale, etc..., s'annule.
Sacha retrouve ainsi sa mère, saine et sauve et Molly la liberté, ainsi que son père.