Deux membres de la Team Rocket ont pour but de capturer Latios et Latias ainsi que d'obtenir la Rosée Ame. Elles débarquent à Altomare où elles attaquent une jeune fille qui est en réalité un Latias. Sacha va affronter Annie et Oakley, les membres de la Team Rocket et prendre la fuite avec Latias, toujours sous sa forme humaine. Celle-ci le ramène auprès de Pierre et Ondine et s'éclipse sans que personne ne la remarque. Ils se rendent tous les trois au musée de la ville où ils apprennent la légende qui concerne Latias, Latios et la ville. Là, Sacha voit Bianca qui ressemble comme deux gouttes d'eau à la jeune fille à qui il est venu en aide. Il la poursuit, mais Bianca le sème et il tombe née à né avec Latias qui ressemble toujours à Bianca. Latias le conduit jusqu'à un immense jardin où il se fait attaquer par Latios, invisible, mais Latias l'arrête. La vraie Bianca apparaît et lui demande des explications. Comme elle veut protéger Latios, elle lui demande de l'attaquer, mais le type du musée, qui est aussi le père de Bianca, lui ordonne de le laisser. Sacha apprend alors que cette fille qu'il a aidée, était en fait Latias et l'histoire de la Rosée Ame.
Durant la nuit, Annie et Oakley débarquent chez le gars du musée et Mentali l'attaque. Une fois ce dernier inconscient, ils vont dans le jardin où Latios et Latias les attaquent. Ils s'affrontent et les deux filles parviennent à emprisonner Latios dans une sorte de toile d'araignée mécanique qui leur lance des décharges pour les affaiblir. Latias parvient à s'enfuir, mais Annie et Oakley s'empare de la Rosée Ame, ce qui enlève toute l'eau qui alimente la ville. Lorsqu'elles amènent Latios au musée, sa présence au centre de la pièce met en marche une machine très ancienne qui le garde prisonnier.

Latias arrive au Centre Pokémon, où dorment Sacha et ses amis. Elle se transforme en Bianca et Sacha comprend alors qui elle est. Latios, toujours, prisonnier, se sert de son don de vision partagée pour montrer à Latias ainsi qu'à Sacha ce qu'il se passe en ce moment au musée.

Oakley fait revenir des Pokémon fossilisés comme Ptera et Kabutops et ferme toutes les issues possibles dans la ville. Sacha saute dans l'eau juste avant d'être pris au piège dans le Centre Pokémon.

Sur le chemin du musée, Sacha et Latias sont attaqués par Ptera. Pour aller plus vite, Sacha a l'idée de prendre les boules qui servaient à la course et de se laisser guider par Latias. Ils parviennent à semer Ptera, mais c'est Kabutops bientôt qui est à leur poursuite. Oakley qui est au commande de toute la ville se sert de l'eau qui entoure la cité pour se débarrasser de Sacha qui était à proximité du musée. Latias utilise ses pouvoirs pour les libérer, ce qui perturbe la machine qui commence à bouger dans tous les sens et produit des décharges un peu partout autour d'elle et sur Latios. Latias parvient à pénétrer dans l'espèce de prison qui enferme Latios et Sacha avec l'aide de Bianca et de son père le tirent hors de cet engin. La machine s'arrête subitement lorsque Latios est libéré. Annie veut reprendre la Rosée Ame, mais elle remarque que le bleu pur qui était sa couleur d'origine a changé en rouge et noir très sombre. En le touchant, elle le détruit ce qui remet la machine en état de marche même si elle redevient incontrôlable. L'eau disparaît totalement de la ville, mais peu après un raz-de-marée fait son apparition. Latias et Latios arrêtent le raz-de-marée, mais Latios ne survit pas à cause de ses blessures et comme son père jadis, il devient la Rosée Ame.